1.自地自建者有關土地成本之取得偏高者。
2.合建分屋或分售，根據合約規定，地主分配之房屋或土地較一般行情為高，地主是否為股東或合建分屋公司未列土地成本者。
3.已售房地之售價，較實際售價（或預售價格）為低者。
4.公共設施用地，如公園、網球場、游泳池用地，其土地及改良費用，已列入本期成本，但其所有權則過予公司股東或未過戶。
5.舊制土地交易免稅所得分攤營業費用、利息支出等相關費用不合規定比例者。
新制2.0房地交易：營利事業依本法第二十四條之五第一項規定計算房屋，土地交易所得或損失，應就各筆房屋、土地之收入及相關成本、費用、利息或損失作個別歸屬認定，其無法個別歸屬之費用，應依個別房屋、土地收入占全部房屋、土地總收人之比例計算應分攤數；其無法個別歸屬之利息支出，應就利息支出大於利息收人之差額部分，按購買該房屋、土地之平均動用資金，占全體可運用資金之比例為基準，採月平均餘額計算分攤之。
前項所稱全體可運用資金，包括自有資金及借人資金；自有資金，指權益總額減除固定資產淨額及存出保證金後之餘額，餘額為負數者，以零計算；借入資金包括股東往來。
6.舊制土地交易免稅所得之計算是否正確無誤。
7.應直接歸屬免稅土地負擔之費用，而未調整自土地收益項下減除者。
8.屬銷管費用帳列成本科目者。
9.合建分屋房地售價是否正常，地主是否為股東，土地售價是否偏高，房屋售價是否偏低。
10.合建分成的約定比例是否合理？土地是否為關係人所有。
11.列報企劃收入、代銷佣金收入是否合理？委託人是否為關係人，有無利用個人名義建屋出售逃漏營業收入。
12.所得稅帳列方式為何？
13.土地成本時應如何查核
（1） 可調閱土地登記簿謄本、藉以瞭解產權移轉流程、交易日期、交易對象。
（2） 當需要知道異動情形時。因現行登記謄本係以最新資料顯示方式呈現，並未列出過往異動明細資料，需申請異動索引。
14.房屋建築工程結構體完工後尚列報主要材料如鋼筋、混凝土、模板等，應查明完工日期（可參考房屋使用執照核發日）。
15.資產負債表列有長、短期借款，卻未於非營業損失項下列報利息支出或未於營業費用項下列報房地銷售費用（如廣告費等），應查明是否隱藏列報於營業成本，以規避土地應分攤利息支出及銷售費用。
16.建設公司以土地及房屋合併銷售，常壓低房屋售價格，相對提高土地售價，造成銷售房屋虧損，土地增益提高，如其買賣合約或統一發票未劃分房屋款及土地款或房屋款經查明顯較市價為低者，其無查得時價者，房屋銷售價格（含營業稅）應依房屋評定標準價格（含營業稅）占土地公告現值及房屋評定標準價格（含營業稅）總額之比例計算。
17. 房屋售價顯較市價為低，請參酌營所稅查核準則第32條第4項規定：房屋款或土地款之時價，應參酌下列資料認定之：
（1）金融機構貸款評定之價格。
（2）不動產估價師之估價資料。
（3）大型仲介公司買賣資料扣除佣金加成估算之售價。
（4）法院拍賣或國有財產署等出售公有房屋、土地之價格。
（5）報章雜誌所載市場價格。
（6）臨近地區政府機關或大建築商建造房屋之成本價格，加上同業之合理利潤估算之時價。
（7）出售土地帳載金額或房屋帳載未折減餘額估算之售價。
（8）其他具參考性之時價資料。
（9）時價資料同時有數種者，得以其乎均數認定。
18. 營利事業出售105年1月1日後所取得之土地，該土地交易所得應依所得稅法第4條之4房地合一（新制）課徵所得稅。惟營利事業仍將前開出售土地利益，列報於當年度營利事業所得稅結算申報書第1頁101欄「免徵所得稅之出售土地利益」項下減除，除依法調整補稅外，尚須依所得稅法第110條規定處罰。
